工(gong)(gong)藤(teng)新(xin)(xin)一(yi)(yi)是全國著名的(de)(de)高中(zhong)生(sheng)偵(zhen)(zhen)探(tan)，在(zai)一(yi)(yi)次追查黑衣人(ren)犯(fan)罪(zui)團(tuan)伙(huo)時(shi)不幸被團(tuan)伙(huo)成員發現，擊暈后喂了(le)(le)神奇的(de)(de)藥水，工(gong)(gong)藤(teng)新(xin)(xin)一(yi)(yi)變回(hui)了(le)(le)小(xiao)(xiao)(xiao)孩！新(xin)(xin)一(yi)(yi)找(zhao)到(dao)了(le)(le)經常幫助他(ta)的(de)(de)阿笠博士，博士為(wei)他(ta)度(du)身(shen)打造(zao)不少間諜武器。為(wei)了(le)(le)防(fang)止(zhi)犯(fan)罪(zui)團(tuan)伙(huo)對他(ta)進(jin)行報復，新(xin)(xin)一(yi)(yi)決定(ding)隱姓埋名，暗中(zhong)追查他(ta)們，希望(wang)能得到(dao)解藥。一(yi)(yi)日，新(xin)(xin)一(yi)(yi) 的(de)(de)女友(you)毛利蘭來(lai)到(dao)了(le)(le)阿笠博士的(de)(de)家尋找(zhao)男友(you)的(de)(de)下(xia)落，被小(xiao)(xiao)(xiao)蘭撞見的(de)(de)新(xin)(xin)一(yi)(yi)情(qing)急之(zhi)下(xia)編造(zao)了(le)(le)自己名叫江(jiang)戶(hu)川柯(ke)南，隨后柯(ke)南寄居(ju)在(zai)了(le)(le)小(xiao)(xiao)(xiao)蘭家。小(xiao)(xiao)(xiao)蘭的(de)(de)父親(qin)毛利小(xiao)(xiao)(xiao)五郎(lang)是一(yi)(yi)名私家偵(zhen)(zhen)探(tan)，新(xin)(xin)一(yi)(yi)可(ke)以(yi)籍著和他(ta)一(yi)(yi)起(qi)四(si)出辦案一(yi)(yi)起(qi)追查黑夜人(ren)的(de)(de)下(xia)落。柯(ke)南在(zai)小(xiao)(xiao)(xiao)學(xue)認(ren)識步美等小(xiao)(xiao)(xiao)學(xue)生(sheng)，他(ta)們一(yi)(yi)起(qi)組織了(le)(le)一(yi)(yi)個少年偵(zhen)(zhen)探(tan)團(tuan)，向罪(zui)犯(fan)宣戰！